De meerjarenstrategie van de stichting Gezondheidscentra Nijkerk vraagt om een bijpassende, slagvaardige organisatiestructuur. De structuur van de samenwerkende Gezondheidscentra Nijkerk ziet er na de fusie per januari 2018 zo uit:

• Circa 200 zorgverleners, werkzaam in circa 18 eerstelijns disciplines en verspreid over verschillende zelfstandige praktijken.
• Een Zorgraad bestaande uit circa 6 zorgverleners die de disciplinegroepen huisarts, apotheek, fysiotherapie, psychologie en overige eerstelijns disciplines vertegenwoordigen.
• Één bestuurder die tevens algemeen directeur is. Daarnaast een manager bedrijfsvoering die tevens plaatsvervangend directeur is. Zij worden ondersteund door een bureau van circa 8 medewerkers voor administratie, ICT, facilitaire zaken, projectleiding, etc.
• Raad van Toezicht.

Binnen de samenwerkende gezondheidscentra zijn er daarnaast werkgroepen waarin verschillende zorgverleners deelnemen. Deze werkgroepen richten zicht op een specifieke groep patiënten. Zo is er de Werkgroep Jeugd, Werkgroep Ouderen, Werkgroep Chronisch Zieken (waaronder: hart en vaten, Longen, Diabetes, Oncologie) en Werkgroep GGZ. Daarnaast zijn er werkgroepen die zich richten op een overkoepelende thema zoals bijvoorbeeld de Werkgroep Kwaliteit.